Нажмите "Enter", чтобы перейти к контенту

Исследователи обнаружили почти 2000 новых кишечных бактерий

Согласно многочисленным недавним исследованиям, популяции кишечных бактерий человека способны влиять на различные аспекты нашего физического и психического здоровья. Несмотря на это, многие бактерии остаются «не картированными» учеными. Новое исследование в настоящее время обнаружило около 2000 ранее неизвестных кишечных бактерий.

рука, держащая чашку Петри

A Новое исследование обнаружило чуть менее 2000 новых видов кишечных бактерий.

Недавние исследования, освещаемые Medical News Today, показали, что микробиота кишечника может играть роль в болезни Паркинсона и деменции, и они могут объяснить, почему лекарство от диабета 2 типа хорошо работает для одних, но не для других.

Новое исследование, появившееся вчера в журнале Nature, теперь выявило почти 2000 новых видов кишечных бактерий, которые ученые никогда не культивировали в лаборатории.

Группа исследователей из Европейского института биоинформатики (EMBL-EBI) и Института Wellcome Sanger, оба в Хинкстоне, Великобритания, использовали вычислительный анализ для оценки образцов кишечного микробиома от участников со всего мира.

«Вычислительные методы позволяют нам понять бактерии, которые мы еще не можем культивировать в лаборатории», — объясняет автор исследования Роб Финн из EMBL-EMI.

«Использование метагеномики [анализа генетического материала] для реконструкции бактериальных геномов — это что-то вроде реконструкции сотен головоломок после смешивания всех кусочков, не зная, как должно выглядеть окончательное изображение, и после полного удалив несколько кусочков из микса, чтобы сделать его немного сложнее, — продолжает он.

Однако Финн продолжает: «Исследователи сейчас находятся на стадии, когда они могут использовать ряд вычислительных инструментов, чтобы дополнять и иногда направлять лабораторные работы, чтобы раскрыть новое понимание человеческого кишечника».

Новый подход

Команда смогла восстановить 92 143 генома из образцов из 11 850 разнообразных кишечных микробиот.

Это позволило исследователям идентифицировать 1952 вида кишечных бактерий, о которых они и другие не знали до этого момента.

Финн и его коллеги объясняют, что многие виды бактерий, так сказать, «сохраняли низкий профиль», потому что ученые обнаружили их в кишечнике только в очень небольших количествах, или они не могут выжить вне кишечной среды.

Это, как они отмечают, до сих пор мешало ученым добавлять такие виды в свой список кишечных бактерий, о которых они знают. По этой же причине команда, проводившая текущее исследование, решила пойти по новому пути — и использовать комбинацию вычислительных методов, чтобы попытаться создать более полную «карту» микробиоты человека.

«Вычислительные методы позволяют нам получить представление о многих видах бактерий, которые живут в кишечнике человека, как они развивались и какую роль они могут играть в своем микробном сообществе», — говорит соавтор исследования Александр Алмейда.

На пути к созданию «сплошной схемы»

«В этом исследовании, — объясняет Алмейда, — мы использовали самые полные общедоступные базы данных желудочно-кишечных бактерий для выявления видов бактерий, которых раньше не было. Методы анализа, которые мы использовали, являются высоко воспроизводимыми и могут применяться для более крупных и более разнообразные наборы данных в будущем, обеспечивающие дальнейшее обнаружение. «

В будущем исследователи надеются, что это и аналогичные исследования помогут им лучше понять кишечник человека, что, в свою очередь, будет способствовать разработке более эффективных методов лечения различных заболеваний.

« Подобные исследования помогают нам создать так называемый план кишечника человека, который в будущем может помочь нам лучше понять здоровье и болезни человека и может даже направлять диагностику и лечение желудочно-кишечных заболеваний. «

Соавтор исследования Тревор Лоули из Института Wellcome Sanger

В то же время команда отмечает, что настоящее исследование сделало исследователей более осведомленными о большом разрыве в исследованиях бактерий кишечника.

Ученые в настоящее время относительно мало знают о видах бактерий, которые характерны для популяций, отличных от тех, которые населяют Европу и Северную Америку, подчеркивают исследователи.

«Мы наблюдаем появление множества одинаковых видов бактерий в данных из европейских и североамериканских популяций. Однако несколько южноамериканских и африканских наборов данных, к которым у нас был доступ для этого исследования, показали значительное разнообразие, отсутствующее в первых. население «, отмечает Финн.

«Это говорит о том, что сбор данных от недопредставленных групп населения крайне важен, если мы хотим получить действительно всеобъемлющую картину состава кишечника человека», — добавляет он, призывая исследователей продолжать фокусироваться на более разнообразных когортах в будущем. .